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黃寶基自2016年起擔任中國香港體育協會暨奧林匹克委員會義務副秘書長。他現為亞洲群眾體育協會董事局成員、中國香港柔道總會主席、亞洲柔道聯盟執行委員、東亞柔道聯盟副主席、世界體育總會亞太區總部管理委員會委員、香港體育專業人員協會副會長、香港武術教練公會副主席及公民體育會顧問等，涉獵體育行政、單項總會管治及教練培訓等多個範疇。 他早年已參與香港代表團的組織工作。2020年東京奧運會期間，他以署理義務秘書長身分處理代表團事務；2024年巴黎奧運會，他為代表團團部官員；2023年東亞青年運動會，他出任中國香港代表團團長。2026年，他獲委任為愛知・名古屋亞運會中國香港代表團團長，帶領歷來規模龐大的代表團出戰，團隊最終取得11金19銀24銅、共54面獎牌，金牌數目及總獎牌數均創下香港參加亞運會的最佳成績。他在總結時指出，運動員在住宿不足、比賽地點分散、交通安排未必完善等挑戰下仍取得佳績，表現出乎意料之外地好，並表示對梯隊接棒有信心。 他於2008年獲民政事務局頒發嘉許狀，2016年獲香港特別行政區政府頒授榮譽勳章，以表揚他對香港體育發展的貢獻。他多年來以不同崗位參與香港運動員出戰國際綜合運動會的安排，熟悉代表團的後勤、醫療及競賽支援運作。