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馮永祖籍廣東番禺，1949年生於廣州，出生不久隨家人南下香港。中學畢業後赴美國修讀醫療科技並考取專業執照，其後為興趣放棄醫院工作，再赴美攻讀電影。1978年學成回港，曾任香港電台電視作品《獅子山下：橋》（1979）的場記。他隨後加入電視廣播有限公司，負責統籌藝員訓練班。八十年代初參與新藝城的製作，最初從事創作，之後任《彩雲曲》（1982）的執行製片及副導演，並受聘為全職僱員，一直任職至公司停止運作。早期他主要擔任製片，參與《小生怕怕》（1982）、《最佳拍檔女皇密令》（1984）等，1979至1991年間也曾在自己製作的電影中客串演出。其後他管理製片部，策劃《全家福》（1984）、《愛神一號》（1985）及大製作《衛斯理傳奇》（1987）。八十年代中他管理特視組，後晉升為行政經理，並參與海外發行，到重要電影節負責展銷、開拓新市場；公司分組製作後，他與麥嘉合作無間，策劃《橫財三千萬》（1987）、《聖戰風雲》（1990）與《監獄風雲Ⅱ逃犯》（1991），任《我在黑社會的日子》（1989）的行政統籌，並監製《瘦虎肥龍》（1990）。他也參與編劇，包括《愛神一號》（與林嶺東合編）及《橫財三千萬》（與麥嘉、曾國賜合編）。九十年代至千禧年他持續活躍，參與創立寰亞綜藝集團有限公司，先後出任總經理、董事副總經理，並監製或出品《伴我同行》（1994）、《女兒紅》（1995）、《七月十三之龍婆》（1996）與《飛虎》（1996）。其後他獲邀任天下媒體集團有限公司執行董事及行政總裁，出任《地獄第19層》（2007）與《花花型警》（2008）的行政監製。2007年，他獲香港特別行政區政府委任為電影發展局秘書長，至2019年5月退休。